La hipótesis más extendida es la que afirma
que el Bouvier de Flandes surgió de cruces endogámicos
de los distintos perros, independientemente de la función
que desarrollasen, en esa zona europea. Por ejemplo, los
perros de guarda eran los Mastines autóctonos y los
pastores eran canes peludos de color gris con cierta semejanza
con el Pastor de Brie.
En 1891, en su libro «Les races des chiens»,
Adolphe Reul describe a un tipo de perro típico de
los negociantes de ganado. En 1894, el conde Henry de Bylant
publica en su libro «Races des chiens» una foto
de aduaneros acompañados por un perro muy parecido
en el tipo a los que años más tarde serían
conocidos como perros de «bouvier», es decir,
cuidadores de bueyes.
Los primeros cruces fueron fortuitos y de ellos surgieron
ejemplares de diferentes características. Se cree
que los monjes del litoral sí realizaban cruces entre
perros campesinos con sus galgos ingleses de caza. Con estos
cruces se buscaba un perro útil para pasar toda una
vida en los campos de lino, de manera que el pelo áspero
y recio se combinó con uno más largo, lo que
acabó proporcionando un aspecto feroz.
Este nuevo perro fue criado en distintas regiones y su
imagen se fue definiendo de diferente manera. Por ello en
sus orígenes se conocían el Bouvier de Roulers
(un tipo de perro muy alto, no menos de 70 centímetros,
y todo negro), criado por el señor Moerman; y el
Paret, muy conocido por ser el perro del ejército
francés, criado por el señor Paret.
En plena polémica sobre la preferencia de los distintos
tipos estalló la I Guerra Mundial, lo que significó
un cierto retroceso; sin embargo, antes se hicieron varios
intentos de redactar un patrón de raza, uno en 1908
y otro en 1912.
Antes de adjudicarse el nombre actual, esta raza era llamada
Bouvier Belge. Precisamente llegar a un consenso por parte
de las dos comisiones de la raza, la francesa y la belga,
sobre el nombre influyó de una manera decisiva en
su futura crianza.
La segunda conflagración mundial provocó
otro retroceso en la evolución del Bouvier de Flandes
y en 1959 dos nuevas comisiones fueron creadas para redactar
otro estándar, que estaría vigente hasta su
homologación por parte de la FCI en 1965.